永元十四年（102年）春，西北边境传来捷报。安定郡驻军奉命出征，讨伐叛乱的烧何羌部落。汉军将士浴血奋战，一举攻灭烧何羌，自此，西海（今青海湖）与大小榆谷一带，再也没有羌人部落敢来侵扰。刘肇审时度势，为了长久稳固西北边疆，下诏在西海地区设立西海郡，派遣重兵驻守，将青海湖及大小榆谷这片广袤土地，正式纳入东汉的版图。同年十一月，刘肇采纳司空徐防的建议，着手改革太学策试制度。徐防认为，太学策试过于偏重辞藻文采，忽视了对儒家经典义理的探究，遂提出“以经术取士，重义理轻浮华”的改革主张。刘肇深以为然，下令修订策试章程，强调对经典本义的理解与阐释，此举极大地改善了太学的治学风气，推动了儒学的进一步发展。
在位期间，刘肇始终心怀黎民百姓，十分体恤民间疾苦。他多次颁下诏书，要求各地官员清理积压的冤狱，为蒙冤之人平反昭雪；下令抚恤鳏寡孤独，赏赐米粮布帛，保障其基本生计；叮嘱地方官吏矜悯孤儿弱童，设立专门机构加以收养。同时，刘肇深知赋税繁重乃是民生之患，屡次下诏减免百姓租赋，减轻民众负担。每逢各地遭遇水旱灾害，他更是第一时间下令开仓放粮，赈济灾民，并告诫朝野上下的官吏，要时常反省自身言行，思考天灾人祸的根源，杜绝苛政扰民。
在刘肇的勤勉治理之下，东汉王朝的国力达到了鼎盛时期。政治清明，吏治廉明，百姓安居乐业，边境四夷臣服，文化昌盛，经济繁荣，后世之人，将这一治世盛景，誉之为“永元之隆”。