多噤若寒蝉，唯有他坚定不移，秉持正义，在朝堂之上与窦氏一党据理力争，先后抗争十次以上。章德太后对其百般刁难，全然不听他的谏言，群臣皆为他的安危忧心忡忡，而袁安却始终镇定自若，坚守气节。刘肇与朝中正直之臣，皆将袁安视为倚仗。袁安的离世，无疑是汉室的一大损失，也让刘肇更加坚定了铲除窦氏的决心。
同年四月，驻守边关的窦宪，以为京城局势尽在掌控，便率领部众返回京师洛阳。窦宪的归来，恰恰给了刘肇发动政变的绝佳时机。六月戊戌日，恰逢发生日食，古人认为日食是上天示警，丁鸿借此良机，上书刘肇，以日食异象为由，暗示窦氏专权逆天而行，恳请刘肇即刻发动政变，铲除窦氏，以顺应天意民心。
十几天后，刘肇终于决定动手。他以“到白虎观讲经”为借口，避开窦氏党羽的耳目，带着刘庆移驾北宫章德殿。随后，刘肇迅速做出一系列部署：任命丁鸿为三公之首的太尉，同时兼任卫尉，统领宫中禁军，全面控制南宫与北宫，牢牢掌握宫廷防务；下令执金吾与北军五校尉，率领所辖兵马，即刻进入备战状态，严密守卫京城各处要地；紧接着，下令关闭京城城门，断绝内外交通，以防窦氏党羽逃脱或叛乱。
一切部署完毕后，刘肇果断下令，命禁军将士逮捕邓夫人、郭璜、郭举、邓叠、邓磊等人，将他们全部打入大狱。在确凿的罪证面前，这些人无从抵赖，最终皆被判处死刑，斩首示众。解决了窦宪的心腹党羽后，刘肇随即派遣谒者仆射，手持诏书前往窦宪府邸，收回窦宪的大将军印信与绶带，削去其兵权，将他改封为冠军侯。同时，下令将窦笃、窦景、窦瑰一并免去官职，与窦宪一同前往各自的封国。
念及章德太后的养育之恩，刘肇不忍将窦宪等人明正典刑，以免让太后颜面无存。但为了永绝后患，他特意选派严苛干练的官员前往各封国，担任宰相，监督窦宪等人的一举一动。待到确认窦宪、窦笃、窦景皆已抵达封国后，刘肇方才下令，勒令三人自尽。窦氏兄弟死后，窦瑰因平日里作恶较少，且对兄长的所作所为多有不满，得以幸免，最终被徙封为罗侯。
至此，刘肇凭借着过人的胆识与谋略，成功铲除了窦氏外戚势力，夺回了汉室政权。亲掌朝政之后，刘肇雷厉风行，立即着手清理窦氏残党余孽。凡是依仗窦家关系得以入朝为官者，无论官职高低，尽数被罢免官职，遣返回乡。经此一番整顿，朝堂之上的阴霾一扫而空，汉室江山重新焕发出勃勃生机。