有的线索在瞬间串联了起来。
今天一早请了假的明日香……
剑介无意中提起，说今天NERV在松代有三号机的秘密启动实验……
迟迟没有出动的二号机……那台漆黑的EVA……这一切，都指向了一个他不敢、也不愿去相信的恐怖事实。
那台被判定为使徒的三号机里的驾驶员……是明日香！
“明日香……”
碇真嗣的嘴唇无声地颤抖着，如遭雷击般愣在原地。
下一秒，他猛地转身，用尽全身的力气，逆着奔逃的人流，向外冲去。
他撞开了一个又一个惊慌失措的路人，在一片咒骂和惊呼声中，跌跌撞撞地找到了一个公共电话亭，然后拨通了NERV的内部通讯。
“美里小姐！”
电话接通的瞬间，他几乎是吼了出来，
“三号机里的驾驶员，是明日香吗？！”
电话那头沉默了片刻，那短暂的寂静仿佛有一个世纪那么漫长。
“……没错……”
然后，葛城美里疲惫而沉痛的声音传来。
“让我驾驶初号机出击！”
碇真嗣深吸了一口气，做出了决定。
“不行。”
“初号机还在封存调查中，你现在什么也做不了。”
一个冰冷而熟悉的男声，毫无征兆地切入了通讯，是碇源堂。
碇真嗣的拳头狠狠砸在了电话亭的玻璃上，发出一声闷响。
他闭上眼，强迫自己冷静下来，脑海中浮现出明日香递给他便当时那别扭又期待的神情，浮现出她手指上那张小熊创可贴。
“呼……”
他长长吐出一口浊气，再次开口时，声音已经恢复了镇定，
“那样的话，让我驾驶二号机出击！”
“不行的，真嗣君……”
葛城美里急忙劝阻道，
“没有明日香，你和二号机的同步率太低了，没办法像上次那样启动的！就算强行出击，也绝对不是使徒的对手……”
“可以。”
然而，下一刻，碇源堂的声音再次响起，推翻了美里的判断。
……
当碇真嗣再次穿上那身熟悉的战斗服，走进二号机的插入栓时。
鲜红色的LCL液体缓缓注入，将他包裹，和上一次的感觉完全不同。
他握住操纵杆，闭上了眼睛。
一幕幕闪过。
拜托了，二号机。
那家伙……那个只会逞强的笨蛋，现在正等着我们去救她。
拜托了，让我们一起去救明日香吧……
指挥室内，葛城美里紧紧盯着屏幕上的数据。
“插入栓连接，神经接续，开始同步。”
“驾驶员脉搏、呼吸正常……同步率……15%，12%，持续下降中！”
一名操作员汇报道。
葛城美里疲惫地叹了口气，果然还是不行吗……
她正准备下令让真嗣放弃。
但就在下一刻，异变陡生！
仿佛是听到了驾驶员发自灵魂深处的祈祷，那台一直沉寂着的红色巨人，双眼中猛然闪过一道凌厉的电光！
主屏幕上，代表着同步率的曲线图，停止了下跌，然后……开始疯狂地向上飙升！20%……35%……！