但自从收复沈阳，明军继续往北，那补给线就远了，加上天气和地形的因素，后勤的供应运输带来了巨大的困难。
除了辽东的战况，还有中原战场，陕西、山西等地，远离江南，多山多水，后勤颇为困难。
中原地区虽然被明军收复，但由于很多地方受灾高达十几年，加上战乱造成了大量百姓颠沛流离，安抚赈济灾民更是需要天量的粮食。
内阁首辅杨廷麟上书言道：“陕西等收复之地还未稳定，已有部分百姓向流寇、盗贼转化的趋势，如果不尽快安抚制止，很可能会引发大规模动乱，望陛下三思！”
户部尚书张国维也是从战后重建方面反对，言说中原地区久经战乱，现在己经十分荒废，现在刚刚收复，急需招抚居民，恢复生产，如果继续对北方用兵，中原地区秋播造成一定的影响，恢复重建工作就还要推后。