《山骨》是一部标准的武侠电影, 故事背景朝代模糊，主线人物皆是江湖人士，充斥着恩怨情仇与刀光剑影。
故事的主线大致可以归为“追”与“悔”两个字。
电影中的男主因为向往话本里的江湖侠气, 便奋不顾身的投入江湖，凭着过人的天赋拜入颇负盛名的大门派门下, 并对同时入门的小师妹一见钟情。
但当男主真正入了江湖之后，却又逐渐厌恶了打打杀杀的生活，便决心退隐，甚至放弃了与小师妹——也就是女主——多年的感情。
恰在这时，男主回归家乡之后, 才发现含辛茹苦将自己长大的姐姐已经生病卧床。
男主回想起姐姐对自己的照顾, 又想起自己过去因为想要闯荡江湖而任性地离家, 必然让姐姐伤心不已，他内心满是悔恨与自责。
然而此刻姐姐已经病入膏肓，男主重金从都城里请来的大夫都摇头说没救了, 唯一的微末希望也只有传闻中可生死人肉白骨的“山骨”，说不准还真能够将人救回来。
男主正处于最愧疚的时候, 当然二话不说便决心去寻找这剂良药。
但问题是男主空有一身高强武艺，却不知道这只存在于传闻中的奇药“山骨”位于何处。
就在男主四处查探消息的时候，都城王府的千金被歹人所害，只剩一口气吊着，王爷悲痛之下，重金悬赏天下能人异士，让他们代为取回神药“山骨”, 并奉上标明大概位置的地形图一张。
各路江湖人士集结于此，有为求财有为求药，也有单纯过来凑热闹结交天下人的，男主也在此与女主小师妹重逢。
电影中的主线故事便从这里开始。
一路上众人各怀鬼胎，各种阴谋阳谋轮番上阵，走到半路的时候，队伍就只剩下了六人，当中包括男女主，以及半途加进来的九娘。
在危机四伏的寻宝途中，男女主也逐渐解开误会。
原来女主从来就没有忘了男主，这一次代表门派前往王府帮忙，也只是因为听说有人在那里看到了男主，便主动请缨前来，只为再见男主一面，与他当面说个明白，往后才好彻底的桥归桥路归路。
但在这期间，九娘作为一个隐藏反派，还被所有人当做一个手无缚鸡之力的小女子，因为长得太过艳丽，言行之间又不甚正经，一开始倒是让女主隐隐有些莫名的危机感。
原本男女主都靠理智克制着想要远离对方，放对方自由，却在九娘有意无意的助攻之下逐渐打开了心扉，越来越深刻的明白对方在自己心目中的重要性。
两人都决定在取得山骨之后再好好谈一谈。
王爷给的地图暗藏玄机，背景来历不一的几人最终达成共识，同心协力找到了真正的神药藏身之地。
传闻中的神药“山骨”其实只是一朵花，生于峭壁石缝之中，数量并不稀少，但采摘却极为困难。
男主好不容易摘到了两朵花，队伍中却突然有人反水对他发动了攻击。
女主为了救男主而不慎坠入悬崖，男主悲痛不已，直到这时候才明白原来他心里从来没有放下过女主。
现实的困境却没有留给男主太多悲伤哭泣的时间，真正的大反派揭露身份，他是个有组织有预谋的人，还是王府的对头，他早在上山之前就在山下布好了天罗地网。
此时男主已经孑然一身，又身受重伤，几乎没有突出重围的可能性。
最后是九娘救了男主。
九娘本也是为了山骨才设计加入男主的队伍之中，她本性狠辣，为达目标不择手段，又善于伪装，将男主一行人耍得团团转。
直到他们到达山脚下，偶遇九娘的小师妹，才拆穿了她的身份。
这时候目的地已经近在咫尺，九娘也不需要再借助男主等人的情报，两拨人都不想在取到山骨之前发生冲突减损战力，于是便就此分道扬镳。
但九娘并不知道真正的大反派早就已经暗中召集了人手守在了半山，她刚上山便被大波人围攻，一开始就因为大意而受了重伤。
九娘虽然生性狠辣，却不是为了自己，脑子又无比清醒，理智告诉她，她不可能在拿到神药之后还能活着下山。
但是那药对她来说比生命还重要，于是她最后想到了另一边的男主。
就在男主命悬一线的时候，九娘拼了命地救下她，并以自身为饵掩护男主下山，让他与王府前来的护卫接上头。
九娘在临死前换来了男主的承诺，男主保证会将其中一份药给她的小师妹送去。
最终九娘便笑着闭上了眼睛。
男主对九娘心情复杂，但后面穷追不舍的追杀者却不容他多想，他不得不进行了剧中最后一场厮杀，最终成功将其中一朵花送到王府的人手上。
有了王府势力介入，反派很快被击杀得溃不成军。
男主也终于就此脱身，还得了王爷的赞赏与大笔赏金，王爷甚至还向他伸出了橄榄枝，问他愿不愿意为他效力。
男主通通拒绝了。
就像片头孑然一身地出场一样，高|潮落幕之后，男主背着他那把破旧的剑，又背着光，孤身走向了远方。
在片末的夕阳光晕之下，男主得知了姐姐的死讯，姐姐最终还是没能等到他将药带回去，他便再度踏上旅程，漫无目的地四处游荡。
看望过了被医好眼疾整日守着师姐墓碑的九娘小师妹，男主走进附近的村庄歇脚，却意外发现了一个酷似女主的年轻女子。
从酒家的
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